Протоколы контроля качества

Структура раунда по контролю качества EGFR

Подготовлено И.А. Демидовой

1. Материал – 15 образцов FFPE, содержащих опухолевую ткань в количестве от 50 до 15%.

С каждого блока делается 3 неокрашенных и одно окрашенное Г.Э. стекла со срезами (5 микрон) – всего сет из 60 стекол.

Окрашенные стекла используются для определения валидности образца и маркировки зоны, содержащей опухолевую ткань, с целью макродиссекции (при необходимости). Валидность образца для исследования и % опухолевой ткани заносится в таблицу 2.

PS. Желательна предварительная валидация образцов во второй лаборатории референсного класса.

2. Выделение ДНК.

Требования к выделению ДНК – используется реагентика, зарегистрированная в РФ для работы с тканями, фиксированными в формалине и залитыми в парафин, название набора фиксируется в таблице 1. Проводится измерение концентрации ДНК с указанием типа измерительного оборудования. Результаты заносятся в таблицу 2.

3. Генотипирование

Непосредственно генотипирование – используются наборы реагентов, зарегистрированные для определения мутаций гена EGFR в РФ, и применяемые лабораторией в реальной практике. Название набора заносится в таблицу 1.

4. Результат генотипирования

Предполагается фиксация только обнаруженных мутаций (со ссылкой на референсную последовательность), в той форме, в какой она производится в реальной практике, оптимально – с использованием номенклатуры HGVS по ДНК и протеину. Результат для всех исследованных образцов вносится в таблицу 2.

5. Формирование заключения

Для 3 образцов предлагается формирование стандартного заключения, предлагаемого лабораторией клиницисту.

Оценивается соответствие заключения правилам GLP, обязательное указание используемой реагентики и оборудования, интерпретация результата.

При необходимости – предлагаемые правила формирования ответа могут быть предоставлены.

Таблица 1. Общие сведения о лаборатории.

Город
Учреждение
Название лаборатории
Количество проводимых исследований в год
Количество исследований мутаций гена EGFR в год
Используемый набор для выделения ДНК
Используемый набор для генотипирования EGFR

Таблица 2. Результаты контроля.

Внутренний № № материала по маркировке Валидность образца и % опухолевой ткани Макродиссекция (да/нет) Концентрация ДНК Результат генотипирования по HGVS DNA Результат генотипирования по HGVS Protein
             

Результаты отсылаются в 2 экспертные лаборатории, оценка проводится по каждому из пунктов, максимальный результат по каждому образцу – 2 балла, максимальный общий результат – 30 баллов.

Баллы снимаются:

  1. за грубые ошибки, приведшие к неправильному генотипированию и неверной трактовке результата – 2 балла полностью за соответствующий образец;
  2. за методические ошибки, приведшие к невозможности проведения исследования на валидном образце, сертифицированном двумя референсными лабораториями – 1 балл за соответствующий образец;
  3. за ошибки в номенклатуре, неверное использовании референсных последовательностей, игнорирование обязательных пунктов в формировании заключений – 0,5 балла за каждый образец.

Удовлетворительным считается результат, превышающий 25 баллов.